Si laurea in Scienze Biologiche all'Università degli Studi di Milano nel 1979.

Dopo un periodo di training a Strasburgo (1981-1982) diventa ricercatrice dell'Istituto di Ricerche Farmacologiche Mario Negri di Bergamo (1983), presso il quale svolge ora la funzione di Capo Dipartimento di Medicina Molecolare. Dal 1991 è Segretario Scientifico del Negri Bergamo (ora Centro Astori) e del Centro di Ricerche Cliniche per le Malattie Rare "Aldo e Cele Daccò" dell'Istituto Mario Negri. Consegue il dottorato di ricerca (Ph.D.) presso l'Università di Maastricht.

Ha fatto parte di comitati editoriali di giornali scientifici: Journal of Nephrology (1996-1998); Kidney International (2003-2005); International Journal of Artificial Organs (dal 2010).

L'interesse di ricerca riguarda la rigenerazione del rene danneggiato da una malattia cronica con l’aiuto di cellule staminali o farmaci che stimolino progenitori renali residenti. L'attività scientifica riguarda anche e la terapia genica, utilizzata nel trapianto come strategia anti-rigetto del trapianto d’organo solido e nella cura di malattie genetiche rare.

La dottoressa Benigni ha tenuto numerose lezioni su invito a Congressi nazionali e internazionali, è autrice di 210 pubblicazioni su riviste internazionali con peer-review.

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